Το τζούντο είναι από τα δημοφιλέστερα τμήματα του Συλλόγου, με πολλές επιτυχίες διαχρονικά: Έχει κατακτήσει πολλά Εθνικά πρωταθλήματα Ελλάδος ανδρών και γυναικών και πολλά διασυλλογικά πρωταθλήματα ανδρών και γυναικών. Από τις τάξεις του έχουν αναδειχθεί αθλητές με συμμετοχές σε Ολυμπιακούς Αγώνες. Το τμήμα έχει έντονη παρουσία και σε τουρνουά στο εξωτερικό, με σημαντικές διακρίσεις αθλητών και αθλητριών.
Στο τμήμα τζούντο λειτουργεί ακαδημία αγοριών και κοριτσιών όλων των ηλικιών, και τμήμα επιλέκτων αθλητών. Αθλητές του τμήματος συμμετέχουν σε Εθνικά πρωταθλήματα όλων των κατηγοριών και σε τοπικούς αγώνες.
