Ο Πανελλήνιος ήταν από τους πρώτους συλλόγους που καλλιέργησαν το άθλημα του χάντμπολ προπολεμικά και ήταν επίσης πρωτοπόρος στην αναβίωσή του κατά την διάρκεια της δεκαετίας του 1970. Από τις τάξεις του πέρασαν παίκτες που στελέχωσαν κατά καιρούς τις Εθνικές ομάδες όλων των κατηγοριών και σήμερα υπηρετούν το άθλημα από σημαντικές αθλητικές και διοικητικές θέσεις. Η ομάδα ανδρών έχει αναδειχθεί στο παρελθόν πολλές φορές Πρωταθλήτρια και Κυπελλούχος Ελλάδος. Σήμερα, η ομάδα ανδρών συμμετέχει στο πρωτάθλημα της ΟΧΕ στην Α2 Εθνική Κατηγορία. Στις χαμηλότερες ηλικιακές κατηγορίες, το τμήμα χάντμπωλ έχει τις εξής δραστηριότητες:
- Συμμετοχή στα πρωταθλήματα εφήβων, παίδων και παμπαίδων της ΕΣΧΑ
- Λειτουργεί δημοφιλής ακαδημία χάντμπολ ΜΙΝΙ και συμμετέχει τακτικά σε τουρνουά της ΕΣΧΑ
- Διοργανώνει τουρνουά ακαδημιών και συμμετέχει σε τουρνουά ακαδημιών άλλων συλλόγων.
